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Microbiana impactos metabolismo sostenibilidad de los esfuerzos de fractura hidráulica a través de un programa de ciencia de colaboración entre dos centros nacionales de usuarios del DOE, los investigadores apoyados por el DOE han sido capaces de reconstruir los genomas microbianos, por primera vez desde formaciones de esquisto que están siendo perforados para extraer gas natural. La identificación de la pérdida microbiana culpables de Iniciación Oceánica nitrógeno en la asociación con el DOE JGI, los científicos tuvieron acceso a la clasificación de una sola célula del estado de la técnica y las capacidades de biología sintética que les permitió identificar y caracterizar funcionalmente el papel de SAR11 en zonas de mínimo oxígeno en el océano. Destacado FY16 CSP Proyecto Intermedio Intermedio Proyecto Wheatgrass Wheatgrass (GTI) es una especie de hierba altamente productivas que se está desarrollando como una nueva biomasa y la producción de cereales. Como un cultivo perenne, GTI puede proporcionar servicios esenciales de los ecosistemas a las prácticas agrícolas actuales, tales como la estabilización de suelos con su estructura de raíces profundas, lo que reduce el escurrimiento de nutrientes, y limitando el crecimiento de malezas. Destacado CSP Proyecto FY15 microbiología del subsuelo para el modelado GEWaSC: Desde luego, poco se sabe acerca de la biología del subsuelo, especialmente por debajo de la zona de suelo. En este proyecto, los investigadores tratan de descubrir la diversidad de organismos que existen en un acuífero bien estudiado (saturado) y suprayacente vadosos sedimentos (insaturado) de la zona (que no incluyen el suelo). Planes de CSP para el año fiscal 2016 se seleccionaron los proyectos CSP 2016 de 74 propuestas completas recibidas, resultante de 98 cartas de intención presentadas. La asignación total para el 2016 se estima cartera CSP para aprovechar casi 40 billones de bases (terabases o TB) de plantas, hongos y microbios capacidad de secuenciación del genoma del DOE JGI. Mejor microbiana Genoma Agrupación con MetaBAT una herramienta automatizada llamada MetaBAT que agrupa automáticamente los grandes fragmentos genómicos ensambladas a partir de secuencias metagenome para reconstruir los genomas microbianos individuales. v11 Phytozome ha sido puesto en libertad! Phytozome es el portal de la planta de Genómica Comparativa del Departamento de Instituto Conjunto del Genoma de la Energía. El lanzamiento de v11 Phytozome (enero de 2016) incluye una serie de cambios y datos adicionales. CSP a gran escala llamada La CSP convocatoria anual se centra en proyectos de ciencias genómicas basadas en secuencias a gran escala que abordan cuestiones de importancia para las misiones del DOE en la producción sostenible de biocombustibles, ciclo global del carbono, y biogeoquímica. La ciencia colaborativa llamada La llamada FICUS entre el DOE JGI y el Laboratorio de Ciencia Molecular Ambiental (EMSL) representa una oportunidad única para que los investigadores combinan la potencia de la genómica y la caracterización molecular en un proyecto de investigación propuesto. 10 nuevos proyectos que se beneficiarán de Conjunto DOE facilidad de usuario Iniciativa El Departamento de Energía de Joint Genome Institute (JGI) estadounidense y el Laboratorio de Biología Molecular Ambiental (EMSL) han aceptado 10 proyectos presentados durante la llamada 2017 por las propuestas de sus "instalaciones mixtas Integración colaboraciones para la iniciativa Ciencia usuario "(Ficus). Cómo Hongos Ayuda árboles resistir sequías adaptaciones específicas en el transcriptoma C. geophilum - el conjunto de sus moléculas de ARN mensajero que refleja la actividad bioquímica real por el hongo - podría ayudar a sus anfitriones sean más resistentes a la sequía, un hallazgo que podría ser útil en el desarrollo más materias primas vegetales para la bioenergía en medio del clima cambiante. Dio a conocer: Diversidad viral de la Tierra En la naturaleza, los investigadores DOE JGI utiliza la mayor colección de conjuntos de datos de metagenómica reunidos de todo el mundo para descubrir más de 125.000 genomas virales parciales y completas, la mayoría de ellos infectar a microbios. Hogar y rsaquo; Y publicaciones de noticias rsaquo; Tech biocombustible directamente de la granja 18 de de febrero de, el año 2016 Tech biocombustible directamente de la granja equipo de investigación grifos EMSL, DOE JGI para aprovechar los hongos prometedores encontrados en el estiércol La naturaleza de lo descubrió ya, cómo dividir mejor los alimentos en combustible. Ahora los científicos han alcanzado, lo que demuestra que los hongos se encuentran en los intestinos de las cabras, caballos y ovejas podría ayudar a llenar el tanque de gasolina también. hongos anaerobios intestinales colonizan la biomasa, y las enzimas secretadas que liberan azúcares libres en su entorno. (Representación artística de los hongos por UCSB diseñador gráfico de ingeniería Peter Allen) Los investigadores informan en la revista Science el 18 de febrero que estos hongos anaerobios intestinales desempeñan tan bien como los mejores hongos modificados por la industria en su capacidad para convertir material vegetal en azúcares que se transforman fácilmente en combustibles y otros productos. "La naturaleza ha diseñado estos hongos para tener lo que parece ser más amplio repertorio mundial de enzimas que descomponen la biomasa", dijo Michelle O'Malley, autor principal y profesor de ingeniería química en la Universidad de California, Santa Bárbara. Estas enzimas - herramientas hechas de proteína - trabajan juntos para descomponer el material vegetal terco. Los investigadores encontraron que los hongos se adaptan a sus enzimas de madera, hierba, residuos agrícolas, o lo que los científicos lo alimentan. Los hallazgos sugieren que la industria podría modificar los hongos de la tripa para que produzcan enzimas mejoradas que superará los mejores disponibles, que puede conducir a los biocombustibles más baratos y productos de origen biológico. Para hacer el hallazgo, O'Malley se basó en dos Oficina del Departamento de Energía de la Ciencia (SC) Instalaciones de usuario EE. UU.: el Laboratorio de Ciencia Molecular Ambiental de Pacific Northwest National Laboratory y el Instituto del Genoma Conjunto DOE. El estudio de O'Malley es el primer resultado de una colaboración entre las dos instalaciones denominadas instalaciones Integración de Colaboraciones para la Ciencia Usuario o FICUS. La asociación permite a los científicos de todo el mundo que se basan en las capacidades, tanto en las instalaciones del usuario SC para obtener una comprensión más completa de cuestiones científicas fundamentales. El equipo de O'Malley también incluyó a científicos del PNNL, DOE JGI, el Instituto Broad del MIT y Harvard, y Harper Adams University. "Al aprovechar las capacidades de secuenciación del ARN y la caracterización de proteínas en las instalaciones respectivas, hemos avanzado la investigación de biocombustibles de manera imposible de otro modo," dijo Susannah Tringe, DOE JGI adjunto de programas de usuario. "Este programa fue establecido de colaboración para fomentar y permitir a los investigadores a integrar más fácilmente los conocimientos y capacidades de múltiples centros de usuarios en sus investigaciones. FICUS ofrece un enfoque de ventanilla única para el acceso a la infraestructura de la tecnología que se está convirtiendo rápidamente en un modelo de colaboración ". Las últimas tecnologías ómicas y equipos transcontinentales un lado, estos hallazgos no serían posibles sin el más humilde de sustancias. La primicia caca Michelle O'Malley se habla en 11 Genómica anuales del DOE JGI de Energía & amp; . Reunión de Medio Ambiente en Walnut Creek, California El estudio de O'Malley (que se muestra aquí la celebración de una cultura de los hongos aislados del intestino) y sus colegas es el primer resultado de una asociación entre dos instalaciones nacionales de usuarios - Instituto del Genoma Conjunto DOE y el Medio Ambiente Laboratorio de Ciencia molecular de la Pacific Northwest National Laboratory - Instalaciones llamada Integración de Colaboraciones para la Ciencia usuario o FICUS. (Sonia Fernández, UCSB) Las empresas quieren convertir biomasa como madera, algas y hierbas en combustible o productos químicos. El problema: La matriz de moléculas complejas que se encuentran en las paredes de lignina de células vegetales, la celulosa y la hemicelulosa se combinan para crear el equivalente biológico de hormigón armado. Cuando la industria no puede descomponer esta biomasa, que pre-tratar con calor o productos químicos. O tirar a la basura. Ambas opciones aumentan el costo del producto acabado. Muchos animales de granja no tienen problemas para descomponer estas mismas moléculas, que inspiraron el equipo de investigación para investigar. Su búsqueda comenzó en el zoológico de Santa Bárbara y un establo en Massachusetts, donde se recogen el estiércol de cabras, caballos y ovejas. El más fresco de la muestra, mejor, por esta abundancia de corral celebró especímenes vivos de hongos que se alimentan de biomasa. Como algunos de los primeros organismos unicelulares que contienen núcleo-del mundo, hongos anaerobios intestinales han existido desde antes de los dinosaurios. Los científicos han sabido por mucho tiempo que desempeñan un papel importante en ayudar a digerir las plantas herbívoros. Una de las razones tiene que ver con el comportamiento de un enjambre de algunos hongos. Cuando los hongos se reproducen, liberan decenas de esporas con apéndices en forma de cola llamados flagelos. Estos hongos bebé nadan alrededor como renacuajos y encontrar nuevos alimentos en el intestino. A continuación, el comercio colas para estructuras como raíces llamados hifas, que se clavan en el material vegetal. A continuación, el follaje se convierte en alimento. O'Malley y sus colegas sabían hifas de los hongos excretar proteínas, llamadas enzimas, que descomponen el material vegetal. Al igual que las herramientas en una caja de herramientas, la más diversa las enzimas, mejores serán los hongos pueden desmontar las plantas y los convierten en alimentos. Si la industria puede aprovechar los hongos con una caja de herramientas de este tipo, se puede romper de manera más eficaz la biomasa cruda. "A pesar de su fascinante biología, hongos anaerobios intestinales pueden ser difíciles de aislar y estudiar", dijo Scott Baker, la ciencia es el tema principal del EMSL para Biosystem Dinámica y Diseño. "Mediante la utilización de las capacidades científicas de vanguardia en EMSL y JGI, O'Malley mostró cómo el enorme catálogo de enzimas de hongos anaeróbicos intestino podría avanzar en la producción de biocombustibles." Para encontrar ese premio, el equipo de investigación necesita un mapa. Bueno, dos mapas. Así que armado con una bola de caca, que tomaron una mirada más profunda en el intestino hongos. Los hongos que son el producto de la tierra En las manos de los científicos, una lista de las enzimas producidas por hongos intestino es el primer paso para desbloquear su potencial productora de biocarburantes. Al igual que los monjes en un monasterio de copiado textos religiosos, las moléculas de ARN mensajero transcribir la información genética necesaria para fabricar proteínas, incluyendo enzimas. Por lo que el DOE JGI secuenció el ARNm de varios hongos intestinales para llegar a su transcriptoma, que representa a todos los posibles proteínas que podrían hacer. O'Malley comparó este esfuerzo para volver a montar un mapa de sus piezas, sólo que sin ver la imagen completa. Dado que no todas las proteínas son enzimas, los investigadores necesitan para cotejarla con su mapa con otro. Introduzca el EMSL, donde los investigadores crearon ese segundo mapa que identifica las enzimas de hongos realmente producidas. Este denominado proteoma actuó como puntos de referencia que hacían juego con hasta un mapa de JGI, destacando las enzimas degradadoras de biomasa en el transcriptoma. Juntos, los mapas de JGI y EMSL señalaron el tesoro de las enzimas intestinales pueden producir hongos. En comparación con las variedades industriales, que alcanzan un máximo de alrededor de 100 enzimas, hongos intestinales pueden producir cientos más. Es de destacar que los hongos producen mejor en la subdivisión de una hemicelulosa que se encuentra en la madera enzimas, llamadas xilano. Y cuando los científicos cambiaron la dieta de los hongos de alpiste al azúcar, los hongos respondieron cambiando las enzimas que produce. En otras palabras, los hongos pueden actualizar su arsenal enzima sobre la marcha. "Debido a que los hongos intestinales tienen más herramientas para convertir la biomasa en combustible, que podrían trabajar más rápido y en una mayor variedad de material vegetal. Eso abriría muchas oportunidades para la industria de los biocombustibles ", dijo O'Malley, cuyo estudio fue financiado por el Departamento de Energía de la Oficina de Ciencia, el Departamento de Agricultura de los EE. UU. y el Instituto de Biotecnología de colaboración EE. UU.. Además, O'Malley fue el destinatario de una oficina de la GAMA de la concesión de la Ciencia de Carrera Temprana dentro del Programa de Investigación Biológica y Ambiental. Recientemente, fue nombrada una de las concesión de carrera temprana presidencial 2016 para Científicos e Ingenieros (receptores PECASE). O'Malley presentará sus hallazgos en 11 ª Anual de Genómica del DOE JGI de Energía & amp; Reunión de Medio Ambiente en Walnut Creek, California, el 24 de marzo de inscripción todavía está abierta para la reunión. Referencia: Kevin V. Salomón, Charles H. Haitjema, John K. Henske, Sean P. Gilmore, Diego Borges-Rivera, Anna Lipzen, Heather M. Brewer, Samuel O. Purvine, Aaron T. Wright, Michael K. Theodorou, Igor V. Grigoriev, Aviv Regev, Dawn A. Thompson, Michelle A. O'Malley, hongos intestinales de ramificación Los primeros poseen una gama amplia y completa de las enzimas de degradación de la biomasa, la Ciencia. 18 de de febrero de, 2016, DOI: 10.1126 / science. aad1431. EMSL, el Laboratorio de Biología Molecular del Medio Ambiente, es un centro nacional de usuarios científicos, patrocinado por el Departamento de la Oficina de Ciencia de la Energía. Situado en el Laboratorio Nacional Pacific Northwest en Richland, Washington. EMSL ofrece un entorno abierto, de colaboración para el descubrimiento científico de los investigadores de todo el mundo. Sus recursos computacionales y experimentales integrados permiten a los investigadores a realizar importantes descubrimientos científicos y crear nuevas tecnologías. Siga EMSL en Facebook, LinkedIn y Twitter. Equipos interdisciplinarios en el Laboratorio Nacional del Noroeste del Pacífico abordan muchos de los problemas más acuciantes de los Estados Unidos en materia de energía, el medio ambiente y la seguridad nacional a través de los avances en la ciencia básica y aplicada. Fundada en 1965, emplea a 4.400 PNNL personal y tiene un presupuesto anual de casi $ 1 mil millones. Está gestionado por Battelle para el Departamento de Energía de EE. UU. de la Oficina de Ciencia. Como el mayor defensor de la investigación básica en las ciencias físicas en los Estados Unidos, la Oficina de Ciencia está trabajando para abordar algunos de los problemas más acuciantes de nuestro tiempo. Para obtener más información sobre PNNL, visite el centro de noticias PNNL, o seguir PNNL en Facebook, Google+, LinkedIn y Twitter. Compartir este: El Departamento de Energía del Instituto Conjunto del Genoma, una facilidad de usuario DOE Oficina de Ciencia en el Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley, EE. UU., se ha comprometido a avanzar la genómica en apoyo de las misiones del DOE relacionadas con la generación de energía limpia y caracterización del medio ambiente y la limpieza. DOE JGI, con sede en Walnut Creek, California. Ofrece secuenciación de alto rendimiento integrado y análisis computacional que permiten a los métodos científicos basados en sistemas a estos desafíos. Siga @doe_jgi en Twitter. Oficina de Ciencia del Departamento de Energía es el mayor defensor de la investigación básica en las ciencias físicas en los Estados Unidos, y está trabajando para abordar algunos de los problemas más acuciantes de nuestro tiempo. Para obtener más información, visite science. energy. gov. Contenido relacionado:
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